21 bergulir pada 27 April 2013. PT Liga Indonesia sebagai operator liga, telah menetapkan jadwal lengkap kompetisi untuk 20 peserta yang berlaga.
ISL U-21 2012/13 akan terbagi dalam lima grup. Grup 2 dan 3 menggunakan sistem kompetisi penuh dengan format home dan away. Sementara grup 1,4, dan 5 menggunakan kompetisi penun dengan format home tournament.
“Di Grup 1, klub Sriwijaya FC akan menjadi tuan rumah untuk putaran 1 dan 2. Grup 4, tuan rumah putaran pertama adalah PS Barito Putera, sedangkan putaran 2 digelar di markas Mitra Kukar. Untuk Grup 5, Persipura menjadi tuan rumah putaran 1 dan 2,” papar Darwis Satmoko, Manajer Administrasi Kompetisi PT Liga Indonesia di situs Liga Indonesia, Jumat (15/3).
ISL U-21 2012/13 terbagi dalam empat babak. Babak penyisihan berlangsung dua putaran digelar pada 27 April hingga 16 Juni. Tim yang menjadi juara grup dan tiga runner-up terbaik akan lolos ke babak delapan besar. Babak delapan besar akan dibagi dalam dua grup dengan format home tournament pada 19 hingga 25 Agustus.
Juara dan runner-up masing-masing grup bertemu di semi final yang berlangsung pada 1 September. Partai final akan digelar pada 5 September.
Grup 1: Sriwijaya, PSPS, Persita, dan Persisko.
Grup 2: Persib, Pelita Bandung Raya, Persela Lamongan, dan Deltras.
Grup 3: Persija, Gresik United, Arema Indonesia, dan Persepam MU.
Grup 4: Persisam, Persiba, Mitra Kukar, dan Barito Putera.
Grup 5: Persipura, Persiwa, dan Persidafon, Persiram.